Sistem pendidikan di Ma’had Tahfidh Al-Qur’an “Nurani”, dilaksanakan secara terpadu dalam bentuk core and integreted curriculum (kurikulum terpadu) selama 24 jam non stop, dengan penekanan khusus pada upaya tafaqquh fiddin dengan berafiliasi pada berbagai macam ilmu, teori dan praktik yang meliputi semua life skill
Program Formal
Program formal berlangsung pada hari sabtu dan minggu (pagi hari) dengan pedoman Garis-garis Besar Program Pengajaran (GBPP). Kurikulum yang dipakai adalah mengikuti buku paket dari Diknas.
Program Non Formal
Kegiatan-kegiatan non formal yang ada di Ma’had Tahfidh Al-Qur’an “Nurani” meliputi :
Muhadharah sebagai wadah latihan ketrampilan berpidato atau orasi dalam bahasa Arab dan Inggris.
Mudarrosah sebagai media bagi santri menampilkan kelancaran hafalan dengan cara membaca tartil bil-ghoib secara bergantian.
Tajwidul Mufrodat merupakan aktivitas penambahan kosa kata bahasa arab dilaksanakan tiap hari sebelum tidur.
Latihan hadrah dan sholawat dilaksanakan pada hari kamis sore.
Program Sedayu
Program sedayu adalah metode pembelajaran baca tulis Al-Qur’an, hafalan surat-surat pilihan dan Do’a harian yang diterapkan di Ma’had Tahfidh Al-Qur’an “Nurani” untuk santri pemula. Buku yang dipakai menggunakan Pedoman Pembelajaran Metode Sedayu sebanyak 6 jilid.
Program Tahfidh Qur’an
Sebagai ciri khas Ma’had Tahfidh Al-Qur’an “Nurani” program ini merupakan program inti yang harus diikuti oleh seluruh santri/santriwati, dimulai dengan tamat metode sedayu, tamat bin nadhar, lancar baca Al-Qur’an, fasih dan sesuai dengan hukum tajwid maksimal setengah tahun sebelum mendapat SIM (Surat Izin Menghafal). Masa menghafal Al-Qur’an sesuai dengan kelas yang diikuti. Kelas A adalah khusus bagifj,tky santri yang punya kemampuan lebih dalam menghafal, target yang dicapai dalam 1 semester 2,5 juz (1 tahun 5 juz). Kelas B adalah program terbatas, pada kelas ini target yang dicapai dalam 1 semester 1,5 juz (1 tahun 3 juz).
Program Kepondokan
Materi kepondokan berjalan pada hari senin – kamis (pagi hari). Buku yang dipakai antara lain Aqida Akhlaq, Bahasa Arab, Fiqih harian, Imla dan Tajwid.